1.办公室：协助校团委做好日常行政事务的处理及协调、日常工作制度的制定与执行等工作；协助做好工作会议的组织和工作督办任务，管理使用校团委印鉴。
2.组织部：协助校团委统筹“青马工程” “团干部培训”等专项工作；协助做好团员发展、团员证注册管理、团员登记、团费收缴和团员组织关系转接等团务工作，落实团的“三会两制一课”制度、团内工作和生活规章制度；协助做好基层团组织、团干部和团员的考评、奖惩工作以及团组织、团员的档案建立和管理工作等。
3.宣传部：协助校团委指导并组织实施团员青年的思想理论教育、宣传文化活动；协助开展共青团工作和青年工作的理论学习和研究工作；协助做好全校共青团系统各项工作和重大活动的校内外宣传报道和媒体联络，做好图片和视频资料的制作、整理和保存；做好校团委网站的管理和维护。
4.志愿者工作部：协助校团委指导全校青年志愿者行动，做好全校青年志愿者的注册及管理工作；协助指导全校各级志愿服务组织开展志愿服务工作，遴选、孵化、培育青年志愿服务项目，组织开展各类相关评选表彰工作；协助做好“苏北计划” “西部计划”等工作。
5.创新创业部：协助校团委遴选、孵化、培育青年创新创业项目，组织开展江苏海事职业技术学院“鲲鹏杯”大学生创新创业大赛，组织参加全国、全省“挑战杯”大学生课外学术科技作品竞赛及大学生创业计划竞赛等。
6.社团管理部：在党委学工部门的指导下，协助校团委做好全校学生社团的事务管理工作，做好学生社团的成立、年审、变更、注销等工作；协助社团业务指导单位和指导教师做好学生社团的组织建设和活动管理工作；协助做好学生社团全体成员大会、学生社团骨干遴选及评价考核、学生社团各类评选表彰等工作。
7.新媒体运营中心：协助校团委做好全校团属网络新媒体平台的统筹工作，具体负责运营微信公众号“青春海院”、微博“江苏海院团委”等校团委网络新媒体平台；协助培育新媒体专业工作室，策划整合全校团属新媒体文化产品，组织开展线上主题活动等。
8.广播台：协助校团委进行校园广播宣传工作；利用校内广播积极宣传实时热点新闻、党史、文化等内容；对校园广播的内容、质量审核，确保按时按质播出；负责大学生活动中心和体育馆场内音响、灯光及大屏操控，确保学校各项活动的顺利进行；“海院吐槽君”官方账号管理运营，为全校师生每日在线服务，让更多同学了解校内大小事，为有困难的同学提供帮助。
9.大学生艺术团：内设主持团、话剧团、礼仪团、舞蹈团、管乐团等。始终立足于“促进校园文化建设，服务全校师生”，不断创新工作思路和方式方法，切实加强大学生艺术团自身向心力、凝聚力和软实力，在内部创新营造“家”文化，对全面提高校园文化建设水平、打造丰富多彩的校园文化氛围起到了重要作用。
10.国旗护卫队：是校团委直接领导下的，以维护国旗尊严和荣誉、定期升降国旗、宣传《国旗法》《国歌法》，增强广大学生爱国意识为主要任务的校级学生组织。负责日常升挂国旗和重大节庆日、学校大型活动升挂国旗任务；开展爱国主义教育活动，宣讲国旗知识，维护国旗尊严；参与校园文化活动，承担校内大型活动的礼仪、值勤任务。
